Le label se compose d'une partie quantitative, basée sur la voie SIA vers l'efficacité énergétique 2040, et d'une partie qualitative avec un catalogue de critères dérivés du catalogue Cité de l'énergie. Le certificat est décerné sous trois formes, comme "Site 2000 watts en développement", "en exploitation" et "en transformation". L'Association Cité de l'énergie a été largement impliquée dans le développement du label et a pu remporter en 2018 l'appel d'offres OMC pour l'office de certification 2019-2023. Elle est responsable de l'assurance qualité du processus de certification, gère les auditeurs Site 2000 watts et soutient la commission du label Site 2000 watts dans l'examen technique des dossiers. L'office de certification siège au groupe de pilotage opérationnel du projet et au comité technique, où il joue un rôle clé dans le développement stratégique et thématique du système et soutient la gestion technique. Les promoteurs de Sites 2000 watts et les conseillères et conseillers Site 2000 watts ont la possibilité de devenir membres de l'Association Cité de l'énergie et de bénéficier du réseau.
